Le guide pédagogique de Lili la petite grenouille comprend toute la démarche méthodologique afin d'exploiter idéalement la méthode en classe, et tout son matériel, du cahier d'activités au cahier de lecture ou au cahier de lecture-écriture. Il propose un déroulement de séances de classe, pour des activités à l'oral comme à l'écrit. Il comprend en outre tous les corrigés et les transcriptions de l'audio.